初代院長樋口隆蔵(1889-1959)は恩師北里柴三郎と共に慶応義塾大学医学設立以来慶応病院勤務、結核に関するする学位取得、結核のサナトリウム建設を志して、信州に高原療養所を求めて、縁あって小諸市馬場裏に掛川医院の跡に樋口病院を開院。

昭和6年現在地に新しいアーリーアメリカ風の病院を建設。
建築には故郷奈良県吉野から杉、檜との木材を使い、結核患者の治療のため窓に輸入品の紫外線ガラスを用い、近隣にない眼を見張るような木造建築を作り、小諸病院と名称を改めました。開設当初は内科を担当は樋口隆蔵、外科は慶応大学卒業生吉岡勝衛氏が診療、以後慶応大学医学部卒業生の医師が多く診療に当たりました。

大正13年創立時には結核を専門的に診療をしていましたが、時代の推移により結核患者が少なくなり昭和58年より結核病棟をなくし一般病棟に変更しました。
初代院長より慶応病院との連携が緊密で、現在は入院は診療病床を中心に、外来は総合外来（内科、外科）診療などに当たっています。

外来、入院を問わず必要があれば協力病院（慶應義塾大学病院等ご希望の病院）へ連絡し患者様に対し、よりよい医療の提供を行っております。

■総合内科
当科では内科系のすべての疾患を対象としており、患者様に対して疾患や臓器に偏らない全人的医療を実施しています。
当院の全てのスタッフ・機器を有効に活用し、患者様にとって最適な診療が行われるように努力しています。

■内科診療科目
呼吸器内科、循環器内科、消化器内科、肛門内科、皮膚科、泌尿器科、心療内科、放射線科、リハビリテーション科

■総合外科
消化器疾患の専門医および専門知識豊富なスタッフにより、高性能内視鏡やマルチスライスCTなどの最新の検査機器を駆使して消化器疾患の診断・治療にあたっております。
切り傷などの小外科治療を初め、食道癌、胃癌、大腸癌、肝癌などの消化器がんの早期発見に力を入れています。

■外科診療科目
消化器外科、肛門外科、外科

～私たち小諸病院は「正しい医療を相互理解で」をモットーに、在宅復帰を目標とした療養医療から、認知及び治療困難な患者様への緩和ケアまで、その人らしい生き方がしていただけるよう患者さま、ご家族の方のお手伝いをさせていただきます～

■医療療養病床とは
療養病床は「医療と介護の間をつなぐ」という役割をしております。
ある程度の医療が必要であり、しかも、ある程度の介護も必要な患者様、言い換えるならば、急性期病院では入院の必要はないが、介護福祉施設では医療面で不十分な患者様に対して、医療療養病棟が存在します。

たとえば、急性期病院で一命は取り止めたもの、後遺症で入院が長期化した際、突然退院のお話をされたことはありませんか。
施設に入所中に発熱を理由に、急に施設からご家族の呼び出し連絡をうけたことはありませんか。
ご自宅で介護している際、急に病気が悪化してこまったことはありませんか。
このような場合など、医療療養病棟が、「医療と介護の間をつなぐ」役割をさせていただきます。